Формула для диплоидной выборки
Аллель — вариант последовательности в определённом участке генома, или локусе. Для аутосомного локуса с двумя аллелями A и a у диплоидных особей частота A равна p = (2nAA + nAa)/(2N), где nAA и nAa — числа соответствующих генотипов, а N — число особей с установленным генотипом. Частота a равна q = 1 − p. Формула считает копии аллеля, а не число его носителей.[1]
Как выглядит простой расчёт
В условной выборке из 10 диплоидных особей есть 3 AA, 4 Aa и 3 aa. Всего учтено 20 копий гена, из них 10 — A, поэтому частота A равна 0,5. Носителей A при этом семь, то есть 70% особей. Пример показывает, почему эти два процента нельзя подменять друг другом. [1]
Почему частота меняется
На неё влияют естественный отбор, генетический дрейф, миграция и мутации. В небольшой популяции случайные изменения могут быть особенно заметны. Само увеличение доли варианта ещё не доказывает его адаптивного преимущества: для установления причины нужны дополнительные данные. [2]
Связь с равновесием Харди — Вайнберга
Если выполнены предпосылки равновесия Харди — Вайнберга, ожидаемые частоты генотипов AA, Aa и aa равны p², 2pq и q². Сам подсчёт p по наблюдаемым генотипам не требует этого равновесия. Оно нужно для другого шага — предсказания соотношения генотипов. Отклонение от ожидаемого соотношения исследуют с учётом структуры популяции, спаривания и других факторов.[1][2]
Что важно в полевой выборке
Указывают число особей, место и время отбора, метод определения генотипа и долю пропущенных данных. Непропорциональный отбор родственников или смешение разных популяций способны исказить оценку. Частота в обследованных образцах — оценка для заданной выборки, а не безусловно точная величина для всего ареала. [1][2]